Organizovanje stalne bakteriološke stanice na Cetinju, januara 1922. godine može se smatrati početkom institucionalnog organizovanja današnjeg Instituta za javno zdravlje.

Prvog marta 1927. godine na Cetinju je osnovan Higijenski zavod, kao institucija od posebnog značaja.

Odmah nakon drugog svetskog rata 1946. godine, osnovan je na Cetinju Higijensko epidemiološki Institut.

Međutim prvo organizovanje ove ustanove u Podgorici bilo je 1.januara 1956. godine sa nazivom: Centralni higijenski zavod.

Od 1. marta 1962. godine, ustanova funkcioniše pod nazivom Republički zavod za zdravstvenu zaštitu Crne Gore.

Osnivanjem RO Medicinskog zavoda "Dr Vukašin Marković" Titograd 1970.godine, ova ustanova funkcioniše u okviru iste kao jedan od OOUR-a, pod imenom Zavod za zdravstvenu zaštitu.

Reorganizacijom RO Medicinski zavod Titograd, 1991.godine, Odlukom Skupštine SR CG BR. 21/91 i 34/91, organizovan je JZU Zavod za zdravstvenu zaštitu Podgorica.

JZU Institut za zdravlje Crne Gore, organizovan je Odlukom Vlade RCG
(Sl.list.R CG, BR. 3/2002, i 63/2002), koja je stupila na snagu 08. 02. 2002. godine, prerastanjem JZU Zavoda za zdravstvenu zaštitu Podgorica u Institut.

I na kraju Institut za javno zdravlje, organizovan je Odlukom Vlade R CG, (Sl. List, R CG, br. 79/2004), koja je stupila na snagu 31. 12. 2004. godine, prerastanjem u skladu sa zakonom Instituta za zdrvalje Crne Gore u Institut za javno zdravlje.

Odlukom Vlade R CG od 10.02.2005, godine imenovan je Odbor direktora Instituta za javno zdravlje koji broji 7 članova.

Statut Instituta za javno zadravlje, usvojen je 25.03.2005. godine, a na isti je u skladu sa Zakonom o zdravstvenoj zaštiti, Ministrastvo zdravlja dalo saglast 18.04.2005.godine, pa nakon upisa promjene imena u Centralnom registru Privrednog suda Podgorica 05.05.2005. godine Institut posluje pod imenom Institut za javno zdravlje.

Pravilnik o unutrašnjoj organizaciji i sistematizaciji radnih mjesta Instituta za javno zdravlje, na koji je Ministarstvo zdravlja takođe dalo saglasnost, usvojen je na sjednici Odbora direktora od 08.07.2005.godine. Usvajanjem ovog akta Institut je prva zdravstvena ustanova u Crnoj Gori koja se organizovala u skladu sa novim reformskim Zakonom o zdravstvenoj zaštiti (Sl. list RCG, br. 23/2004).